Após a queda da grande Umbrella Corporation, Chris e Jill se afiliaram ao braço norte americano da BSAA, e ambos viajaram todo o mundo para conter as ameaças de bioterrorismo. A dupla rapidamente ganha notoriedade e respeito dentro da organização.

Em 2005, Chris, juntamente com sua nova parceira de equipe Jessica Sherawat, é acionado pela BSAA para conduzirem uma missão de resgate à seus amigos Jill Valentine e Parker Luciani, que desapareceram a bordo de um navio fantasma. Logo, Chris e Jessica descobrem que o desaparecimento de seus colegas é uma parte fundamental de uma conspiração organizada pelo grupo terrorista Veltro, principal responsável pela destruição da cidade de Terragrigia em 2004.

Em 2006, a dupla consegue localizar um dos criadores da Umbrella, Ozwell E.Spencer, que estava escondido na Europa. Sem perder tempo, ambos seguem em uma missão para questinar Spencer sobre o paradeiro do terrorista Albert Wesker. Chegando no palácio de Spencer, localizado no cume de altas montanhas, eles encontram o próprio Wesker, de pé em frente ao corpo murimbundo de Spencer. Uma brutal luta começa, e Chris e Jill não são páreos para as poderosas investidas de Wesker. Chris quase é morto na batalha, mas Jill o salva, porém pagando um alto custo: sua própria vida, quando se agarrou à Wesker e pulou no peripício, caindo no agitado mar. Chris não pode fazer nada a não ser assistir à cena e gritar o nome de sua parceira. O agente rapidamente contatou a BSAA para fazer buscas no mar. A procura pelo corpo de Jill durou 3 meses, mas nada foi encontrado. A BSAA declarou Jill morta em ação e uma lápide foi erguida em sua memória. Chris então prometeu a si mesmo que dobraria seus esforços para conter o bioterrorismo, e o fez, se envolvendo em diversas missões por todo o mundo, prendendo contrabandistas e contendo infecções, ganhando alto respeito por toda a BSAA. Chris também preparou seu corpo e sua mente para um possível novo encontro com seu rival, Wesker.

Em 2009, sendo ele um agente nível 10, Chris é enviado para a pequena cidade de Kijuju, na África, para capturar um vendedor de B.O.W.s no mercado negro. Ele é auxiliado por Sheva Alomar, outro membro da BSAA, mas na divisão Africana. Quando eles adentram na aldeia e recebem os equipamentos e armas, Chris é atacado pelos habitantes da pequena cidade, que agem de uma forma hostil. Chris logo constata que se tratava de uma versão melhorada do Las Plagas, graças ao relatório que recebeu de Leon Scott Kennedy. Durante a missão, Chris recebe informações sobre Irving, e uma foto de uma mulher que se parecia com sua falecida amiga e parceira Jill Valentine. Chris então decide deixar a missão de lado e saber mais sobre a misteriosa foto. Sheva, após saber sobre o passado de Chris e sobre a culpa que ele carrega pela morte de Jill, decide continuar a ajudá-lo em seu novo objetivo, sempre o acompanhando. No lado das sombras, Albert Wesker pretende infectar o mundo inteiro com seu novo recurso: o poderoso vírus Uroboros, criando assim uma nova seleção natural e tornando-se um deus. Wesker tem agora uma grande aliada, Excella Gionne, da empresa TriCell. Quando Chris e Sheva encontram-se com Irving, o mesmo se usa em si mesmo um vírus, e Irving que torna um gigantesco monstro. Mas não foi páreo para a dupla. Chris então tenta interrogá-lo antes de Irving morrer, e os dois conseguem chegar ao local onde estaria Jill. Mas o grande encontro estava para acontecer: Chris e Wesker se encontram em uma grande sala na base após anos sem se ver. Na sala estavam reunidos Chris, Sheva, Wesker e uma figura mascarada tão poderosa quanto Wesker, que se revelou ser Jill. Wesker estava usando um mecanismo chamado P30 para transformar Jill em uma poderosa arma de guerra, obrigado a moça até mesmo atacar seu amigo Chris. Após a luta entre os 4, a dupla retira o mecanismo de Jill, fazendo-a voltar ao normal. Jill manda Chris seguir em frente para abaterem Wesker antes que o mesmo libertasse o Uroboros. Na luta final entre Chris, Sheva e Wesker, a dupla trabalha em equipe para enfraquecer o vilão com um vírus, enquanto ele usava força total. Wesker foge, seguido por Chris e Sheva. Outra luta acontece no jato cargueiro de Wesker, que portava mísseis contendo o Uroboros. Durante o confronto, Chris consegue injetar uma dose do vírus no pescoço do Wesker, enfraquecendo-o. Chris e Sheva tentam então abrir a traseira do avião, e Chris consegue puxar uma alavanca que a abre a traseira do jato, sugando tudo para fora, até mesmo Wesker. Mas Wesker se agarra em Sheva. Quando Sheva encara Chris com um olhar triste e se solta, Chris a agarra quando estava prestes a cair junto com Wesker. Sheva então derruba Wesker e ele cai. O jato tem um pouso forçado em um vulcão ativo, e Wesker surge novamente, e em um ato de raiva, enfia o braço em um dos mísseis com o Uroboros, e Albert Wesker é infectado instantâneamente pelo vírus. Seu tronco e braços são cobertos por pústulas pretas. Chris e Sheva se separam no embate, Wesker segue então para eliminar Sheva primeiro. Chris então empurra uma grande rocha contra o rio de lava para formar uma plataforma e Sheva consegue passar. Então, Chris se agarra nas costas de Wesker, desferindo vários socos no coração do vilão, enquanto Sheva aplica punhaladas no tórax de Wesker. No fim da grande luta, Wesker é mergulhado na magma, Chris e Sheva são resgatados por um helicóptero onde estavam Jill e Josh Stone, um membro da BSAA. Mas Wesker não aceita a derrota e tenta derrubar o helicoptero. Porém, Chris, e sua parceira Sheva, se equipam com duas lança-foguetes e atiram em Wesker, destruindo-o finalmente. Mais uma vez, Chris sobrevive a mais um pesadelo.