Durante sua investigação pelos corredores do R.P.D., Leon encontra uma mulher que marcaria sua vida. Essa pessoa é Ada Wong, que se identifica a ele como alguém que está na cidade em busca do namorado, um cientista chamado John, que trabalhava para a Umbrella.

A bela moça, na verdade, era uma espiã, que estava na cidade para roubar uma amostra do G-Vírus, desenvolvido por William Birkin. E reunia as duas únicas vulnerabilidades de Leon: o fraco por mulheres bonitas e a irritação quando ele não tem seus conselhos ouvidos. Por ter seus próprios planos – e saber se cuidar sozinha – Ada simplesmente ignorava as ordens dele e preferia seguir por si só.

A companhia de Leon, porém, acabaria por lhe salvar a vida. Nos esgotos, uma possível rota de fuga encontrada por Leon e Claire, ela é confrontada pela cientista e esposa de William Birkin, Annette, que coloca Ada sob a mira de uma arma. O disparo fatal, porém, é mal sucedido pela ação do policial novato, que se atira na frente da espiã e acaba ferido no ombro.

Após ficar desacordado por algum tempo, Leon acorda e percebe que Ada cuidou de seu machucado enquanto ele estava desmaiado. Mais uma vez sozinho, ele percorre o caminho pelos esgotos até chegar ao elevador que o levaria para um laboratório subterrâneo da Umbrella.

A bordo, ele se reúne mais uma vez com Ada e a moça acaba ferida após um ataque de William Birkin, agora transformado em um monstro terrível pelo próprio vírus que criou. Demonstrando sentir algo a mais por ela, Leon retribui os cuidados e a carrega no colo até uma sala próxima, na qual ela estaria segura e poderia descansar.

Apesar de também nutrir sentimentos pelo policial, Ada não desvia de sua missão e explora sozinha o laboratório em busca do G-Vírus. Ao recuperar uma amostra, porém, ela se vê encurralada por um T-103, uma das armas biológicas mais poderosas da Umbrella, e acaba gravemente ferida, mesmo após a intervenção de Leon.

Com a moça ferida em seus braços, o novato presencia a morte de alguém que aprendeu a amar tão rapidamente. Mal sabia ele, porém, que tudo não passava de uma farsa da espiã, arquitetada rapidamente para que ela pudesse completar seus objetivos sem comprometer a sobrevivência do policial.

O fim gera um novo começo

Não deixar que mais ninguém morra se transforma em uma missão pessoal de Leon. Ao se reunir novamente com Claire, ele conhece Sherry, a filha de William e Annette Birkin. Juntos, os três embarcam em um trem que, finalmente, os levaria para longe daquele pesadelo. Antes, porém, o policial tem ainda mais um encontro com o T-103 e recebe a inesperada ajuda de uma mulher misteriosa – ninguém menos do que Ada, retribuindo o favor de antes e salvando a vida do jovem.

O fim daquele incidente, porém, não seria sinônimo de paz. Leon e Claire se separam. Enquanto a garota segue em busca de seu irmão, o policial novato é recolhido pelo Serviço Secreto norte-americano, contra a própria vontade. É aí que Adam Benford – que mais tarde se tornaria o presidente dos EUA – faz a ele uma proposta inusitada: Sherry ficaria segura desde que ele aceitasse trabalhar para eles.

Relutante, Leon aceita e decide dedicar sua vida ao fim da Umbrella. Ele passa por um intenso treinamento voltado à formação dos melhores agentes de elite dos Estados Unidos e utiliza os recursos governamentais para planejar e executar uma série de ações contra a companhia farmacêutica.

Uma delas envolveu seu velho amigo da academia de polícia, Ark Thompson. Agora um detetive particular, ele é enviado à Ilha Sheena para investigar um possível centro de fabricação em massa de armas biológicas. A missão, apesar de ter ocasionado um novo incidente viral no local, resultou no resgate de dois sobreviventes e na destruição completa da instalação.

Leon também teve envolvimento indireto nos acontecimentos que se desenrolaram na Ilha Rockfort e na base da Umbrella na Antártica, em Resident Evil CODE: Veronica. Após receber um email de Claire sobre sua prisão nas instalações da empresa, o agente informa Chris sobre a localização da garota. Investigando o incidente no local, ele conhece Albert Wesker e fica sabendo do envolvimento dele com Ada Wong.

As ações militares e o intenso treinamento tiveram impacto direto na personalidade de Leon. Ele se tornou um agente extremamente focado e de poucas palavras. Trabalhando sob as ordens diretas do presidente, ele recebeu uma missão simples: erradicar a ameaça biológica da face da Terra.

Operação Javier

Em 2002, Leon é enviado para as florestas da América do Sul ao lado de Jack Krauser, membro do Comando de Operações Especiais do exército dos EUA. A dupla tem como objetivo localizar e prender Javier Hidalgo, um poderoso traficante de drogas que está envolvido em negociações para compra de armas biológicas com um ex-cientista da Umbrella.

Em Mixcoatl, uma vila no coração da floresta amazônica, os dois conhecem Manuela Hidalgo, filha do bandido e portadora do vírus t-Veronica. Ela conseguia sobreviver com a infecção devido a constantes transplantes de órgãos, oriundos de garotas sequestradas por seu pai. Tudo para impedir que ela sucumbisse à mesma doença que matou sua mãe, ou se transformasse em um monstro como ela. Até se encontrar com Leon e Krauser, ela não conhecia as atividades criminosas de Javier, líder da organização criminosa Sacred Snakes.

O monstro em que a mãe de Manuela se transformou era mantido por Javier em uma estufa. Em climas úmidos, porém, o vírus t-Veronica tem sua eficácia ampliada e, após consumir o traficante, passou a crescer desenfreadamente. O resultado disso seria uma infecção generalizada no ecossistema da floresta amazônica, gerando danos irreparáveis para todo o mundo.

A ação conjunta dos dois militares e Manuela, porém, foi suficiente para acabar com o monstro. A missão, porém, teve um alto preço para Krauser, que acabou ferido no braço e considerado incapacitado. Após deixar a América do Sul ao lado de Leon, ele seguiria seu próprio caminho e, pouco depois, desapareceria após um suposto acidente.