Com o fim da Umbrella, as armas biológicas não tinham mais um ponto centralizador. Pesquisas com vírus e criaturas acabaram caindo nas mãos de terroristas que, abastecidos por um mercado negro gigantesco, faziam sobreviver o trste legado da companhia farmacêutica.

Nesse ensejo, estranhamente, Leon deixa a luta contra o terrorismo biológico e passa a trabalhar diretamente para o Serviço Secreto. Suas habilidades em combate o tornaram perfeito para liderar a segurança da família presidencial. Sua chegada ao novo cargo coincidiu com o sequestro de Ashley Graham, filha do comandante-em-chefe americano.

A desconfiança de que a abdução teria sido um trabalho de alguém infiltrado no governo fez com que apenas Leon fosse enviado a uma região remota da Espanha, onde a garota havia sido vista pela última vez. Lá, ele se viu diante de uma ameaça diferente, mas tão perigosa quanto os zumbis e armas biológicas da Umbrella.

Leon é atacado ferozmente pelos habitantes de uma vila no interior do país e descobre que todas aquelas pessoas estão sendo controladas pelo Las Plagas, um parasita capaz de tomar conta da consciência de seu hospedeiro. Controlando a todos como um titereiro está Osmund Saddler, líder de um culto religioso chamado Los Illuminados.

O sequestro de Ashley Graham fazia parte de um plano maior. A garota seria infectada com o parasita e enviada de volta aos Estados Unidos. Uma vez controlada por Saddler, ela seria capaz de destruir o governo americano por dentro, infectando peças-chave da administração e levando o caos à principal nação do globo.

Capturado pelos soldados controlados pelo terrorista, Leon acaba infectado pelo Las Plagas. Durante sua investigação no local, ele recebe a ajuda de Luis Sera, um cientista que participou das pesquisas com o parasita antes de perceber o potencial destrutivo de seu trabalho e mudar de lado. Ele entrega ao agente alguns comprimidos, responsáveis por retardar a evolução da infecção.

Investigando a ilha, Leon localiza Ashley e a resgata, abrindo caminho à bala em meio a infindáveis tropas de Ganados. O agente descobre que Saddler não conta apenas com os habitantes da vila a seu lado, mas também com um verdadeiro exército e diversas criaturas, geneticamente modificadas com a utilização do Las Plagas.

Ecos do passado

A missão na Espanha também seria palco de dois reencontros importantes. Leon descobre que o acidente que matou Jack Krauser foi uma farsa. Sem rumo e renegado por seu próprio país, ele se transformou em um mercenário e carrega o Las Plagas em seu corpo. O parasita foi o responsável pela recuperação de seu braço ferido em batalha.

Agora, Krauser trabalha para Saddler e foi o responsável pelo sequestro de Ashley. O ex-militar, porém, também é um agente duplo, espionando o Los Illuminados para Albert Wesker. O conflito de interesses e o ódio por Leon leva os dois a um confronto do qual o sobrevivente de Raccoon City sai vitorioso.

Seis anos após o incidente em Raccoon City, Leon finalmente veria Ada novamente. Mais uma vez, os dois estão em lados opostos, já que a espiã está no local à mando de Wesker com uma missão bem semelhante: roubar uma amostra do parasita Las Plagas.

O fato de não estarem ali com o mesmo objetivo, porém, não impede que Leon e Ada trabalhem juntos. A moça desvia-se de seu caminho inúmeras vezes para auxiliar o agente e Leon faz o mesmo quando ela é capturada por Saddler.

Após enfrentar um Osmund Saddler transformado em monstro, Leon obtém posse da única amostra restante do Las Plagas. Mas por pouco tempo, já que Ada coloca uma arma na cabeça do agente e foge logo em seguida. Para garantir que o herói também escapasse, ela entrega a ele as chaves de um jet ski, que é utilizado para a fuga ao lado de Ashley.

De volta aos Estados Unidos e com Ashley em segurança, Leon escreve o chamado “Kennedy Report”, relatando a seus superiores o incidente na Espanha e as participações de Krauser e Ada, bem como todos os detalhes sobre as pesquisas dos Los Illuminados. O relatório se mostraria crucial nos esforços da B.S.A.A. para conter o bioterrorismo e se tornaria uma peça fundamental na missão de Chris Redfield na África, anos depois, em Resident Evil 5.